Nach seinem Studium in München und Leipzig führte ihn sein Weg im Jahr 1871 nach Athen. Dort arbeitete er als Lateinlehrer und von 1872 bis 1878 als Privatdozent für Vergleichende Sprachwissenschaft an der Universität Athen. Ab 1874 beauftragte ihn die Berliner Akademie der Wissenschaften die Peloponnes zu bereisen, um den maniotischen und den tsakonischen Dialekt zu erforschen. Von wenigen archäologischen Arbeiten abgesehen kehrte er zur Erforschung des Tsakonischen immer wieder auf die Peloponnes zurück. Bevor er von 1877 bis 1910 als Direktor der griechischen Nationalbibliothek in Athen tätig war, wurde er im Sommer 1876 von der Berliner Akademie nach Trapezunt zum Studium des Pontischen geschickt. Deffner ist Ehrenbürger von Leonidi auf der Peloponnes.